En la adolescencia se produce el nacimiento del pensamiento en contraste con el desarrollo fisiológico de la sexualidad, algo extremadamente polar que lleva al joven al comienzo de la toma de conciencia de su propio mundo interior, lleno de ideales, y que este se confronta con su naturaleza terrenal.
Todo este cambio es un conflicto interior de grandes proporciones y la educación tiene que ayudarlos a encontrar el propio camino para formarse juicios acerca de todos los aspectos del mundo tanto física como moralmente.
La capacidad de formarse juicios relacionando todas las asignaturas con sí mismo y el ser humano, cambia y evoluciona año a año en esta etapa de la escuela. Así, en 1ª y 2ª medio la enseñanza va dirigida en principio a la experiencia exterior, es decir, lo que nos entregan los sentidos. Esto trae como consecuencia el desarrollo de una inteligencia práctica en los jóvenes, primer estadio del desarrollo del pensar. Hacia los últimos cursos, esto es, 3ª y 4ª medio, el desarrollo de los juicios se encamina a las relaciones abstractas, que permitan reconocer las leyes del pensar y formarse un juicio propio, con el cual ser creativos y activos en el mundo, con confianza y altruismo.
La enseñanza secundaria en la escuela Waldorf es, además, el momento para preparar a los jóvenes para la vida. Esto no significa que el enfoque educativo ahora mute y se adapte a las exigencias del mercado laboral que demanda cierto tipo estandarizado de destrezas específicas en detrimento de otras, sino muy por el contrario, el énfasis en este importante período de la educación está puesto en que los jóvenes tengan un espacio de desarrollo donde puedan ir encontrando su misión, lo distintivo que cada uno trae para hacer las transformaciones que el mundo necesita hoy. Esto se logra con la compañía de maestros que conozcan y hayan tenido una relación práctica con lo que enseñan, que muestren amorosamente el mundo, que hagan que los jóvenes se interesen por ese mundo, en responsabilidad, haciéndose cargo de lo que los tiempos plantean como desafío. Esto tiene, en la base, una actitud de apertura e interés frente a todo lo que nos rodea. No caben aquí los dogmas de ningún tipo, ni la indiferencia. Todos los temas, especialmente aquellos que se plantean con preguntas incómodas por parte de los jóvenes (sexualidad, drogas, religión, política, etc), son los que tienen que encontrar un espacio de desarrollo y encuentro con los adultos. Es clave que las familias acompañen estos procesos.